2026年9月から変わる36協定の監督運用｜飲食店のシフト管理・労務管理への影響

情報基準日：本記事の行政情報は2026年8月19日公表・同年9月1日運用開始の内容に基づきます（2026年8月時点）。

はじめに

早朝の仕込みから深夜の片付けまで、シフトが日によって大きく変動する飲食店では、時間外労働の管理が悩みの種になりやすいものです。厚生労働省は2026年8月19日、「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」を公表し、2026年9月1日から労働基準監督署の運用を変更すると発表しました。これは労働基準法上の残業時間の上限そのものを変えるものではありませんが、労働基準監督署が事業場の36協定をどのように点検するかという運用方針の見直しであり、シフト制・変形労働時間制を採用することが多い飲食店にとって無関係ではありません。本記事では、この運用見直しの内容を正確に整理したうえで、スタッフ数100名以下の飲食店が労務管理体制を点検する際のポイントを解説します。

この記事の要点

• 厚生労働省は2026年8月19日、時間外労働に関する監督指導の運用を見直すと公表し、2026年9月1日から実施しています。
• 従来は「時間外・休日労働を月45時間以内に削減する」ことを一律に求める指導が中心でしたが、新しい運用では36協定に定めた「健康及び福祉を確保するための措置」の実施状況を重点的に確認する方式に変わります。
• 過重労働による健康障害のおそれが高い場合には、これまでどおり必要な指導が行われるとされています。
• これは労働基準法の残業時間の上限（原則月45時間・年360時間、特別条項による例外）自体を変更するものではなく、監督署の日常的な相談・指導の進め方の見直しです。
• 飲食店では、36協定に定めた健康福祉確保措置が実際に運用されているかどうかを、この機会に点検しておくことが重要です。

ニュース・制度変更の概要

厚生労働省が2026年8月19日に公表した内容によると、これまで労働基準監督署は、時間外・休日労働時間数のみに着目し、月45時間以内への削減を一律に求める指導を行ってきました。2026年9月1日からは、各事業場が36協定で定めている「労働者の健康及び福祉を確保するための措置」の実施状況を重点的に確認し、その状況に応じた必要な指導を行う運用に見直されています。ただし、過重労働による健康障害が生じるおそれが高い場合には、引き続き必要な指導が行われるとされており、時間外労働そのものへの監督が緩和されたわけではありません。あわせて、働き方改革推進支援センターでも、この運用見直しを踏まえた相談対応が行われる方針です。なお、公表資料には健康福祉確保措置の具体的な項目までは明記されておらず、詳細は36協定の届出様式や労働基準監督署への確認が必要です。今回の見直しは、時間外労働の上限規制という法律の枠組みを変えるものではなく、日々の相談・指導という運用面での重点の置き方が変わるものである点を、まず正確に押さえておく必要があります。

主対象となる飲食業態と中小飲食事業者への影響

今回の運用見直しは、36協定を締結しているすべての事業場が対象であり、業種は限定されていません。レストラン、居酒屋、カフェ、ラーメン・麺類店、寿司店、焼肉店、ファストフード、テイクアウト・デリバリー専門店など、シフト制勤務が中心の飲食店の多くは36協定を届け出ており、今回の運用見直しの影響を受けます。特に、繁忙期の残業が発生しやすい店舗、早朝仕込みや深夜営業がある店舗、急な欠員時にシフト協力を求めることが多い店舗では、36協定に定めた健康福祉確保措置（勤務間インターバルの確保、深夜労働の回数制限、健康診断の実施など）が実際に機能しているかどうかが、今後の労務管理体制を点検するうえでのポイントになります。多店舗展開する企業やフランチャイズ加盟店では、店舗ごとに36協定の内容や運用状況にばらつきがないかも確認が必要です。直営店であれば本部が一括して届出内容を管理しやすい一方、フランチャイズ加盟店では各店舗のオーナーが個別に届け出ている場合もあるため、本部としてどこまで統一したルールを示すかをあらかじめ整理しておくとよいでしょう。

経営・人事・店舗運営で起こりやすい課題

36協定が「届け出て終わり」になっている

36協定を労働基準監督署に届け出た後、健康福祉確保措置の欄に記載した内容が実際に運用されているかを確認していないケースは少なくありません。届出時に選んだ措置が、現場のシフト管理と結びついていないことがあります。

変形労働時間制やシフト表との整合

飲食店では1か月単位の変形労働時間制を採用している場合がありますが、シフト表の実態が36協定や就業規則の内容と食い違っていると、時間外労働の算定自体が不正確になるおそれがあります。

名ばかり管理職や固定残業代の運用リスク

店長を管理監督者として扱い、時間外労働の対象外としている場合、実態として管理監督者の要件を満たしているかどうかが問われます。固定残業代制度を採用している場合も、実際の残業時間が固定分を超えていないかの管理が必要です。

繁忙期・急な欠員時のシフト調整に頼りすぎる

週末や連休、地域のイベント時期など繁忙期には、既存スタッフへのシフト協力の依頼が集中しがちです。急な欠員が出た際に特定のスタッフへ負担が偏る運用が常態化すると、健康福祉確保措置の趣旨に反するだけでなく、負担の大きいスタッフから離職してしまうという悪循環にもつながります。

等級・評価・賃金・採用・育成への反映方法

健康福祉確保措置をシフト管理の運用ルールに落とし込む

36協定に定めた健康福祉確保措置（例えば、勤務間インターバルの確保や深夜労働の回数制限など）を、実際のシフト作成ルールに反映させます。店長がシフトを組む際に、これらの基準を自動的にチェックできる仕組みがあれば、運用の実効性が高まります。

店長・エリアマネージャーの労務管理スキルを評価に組み込む

店長やエリアマネージャー・SVの評価項目に、シフト管理の適正さや36協定の遵守状況を加えることで、労務管理を「誰か任せ」にせず、組織的に取り組む姿勢を評価制度で後押しできます。

賃金制度と労働時間管理の整合を確認する

固定残業代制度や深夜手当、休日勤務手当などの賃金項目が、実際の勤怠データと整合しているかを点検します。FLコスト比率や人時売上高を管理する際も、正確な労働時間データが前提になります。

採用・教育の段階から労務知識を共有する

新任の店長やパートリーダーに、36協定や変形労働時間制の基本的な考え方を研修で伝えることで、現場レベルでの労務トラブルの未然防止につながります。

実務対応の手順

手順1：自社の36協定の内容を確認する

現在届け出ている36協定の内容（時間外労働の上限、特別条項の有無、健康福祉確保措置として選んでいる項目）を確認します。

手順2：健康福祉確保措置の運用実態を点検する

届け出た措置が実際にシフト表や勤怠管理の中で運用されているかを確認します。例えば勤務間インターバルを措置として選んでいる場合、実際に一定時間の休息が確保されているかをデータで確認します。

手順3：シフト表と変形労働時間制の整合を確認する

変形労働時間制を採用している場合、対象期間・労働日・労働時間があらかじめ特定されているか、実際のシフトと乖離していないかを確認します。

手順4：店長・管理監督者の実態を確認する

店長を管理監督者として扱っている場合、労働時間の裁量や権限、待遇の実態が要件に沿っているかを確認します。判断が難しい場合は専門家に相談します。

手順5：店長会議等で運用ルールを共有する

点検結果をもとに、シフト作成時のルールや、欠員時の対応方法を店長会議で共有し、全店舗で運用がそろうようにします。

手順6：定期的にモニタリングする

36協定は原則として有効期間ごとに見直しの機会があります。届出の更新時だけでなく、繁忙期の前後など年に数回、勤怠データをもとに健康福祉確保措置の運用状況を確認する仕組みを、店長任せにせず経営者・本部としても持っておくことをおすすめします。

比較表・チェックリスト

出典：厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」（2026年8月19日公表）。健康福祉確保措置の具体的な項目は、自社の36協定届出内容や労働基準監督署への確認が必要です。

36協定・シフト管理のセルフチェックリスト

架空のモデル事例：健康福祉確保措置を「使える仕組み」にした居酒屋チェーンの例

以下は、複数の中小飲食事業者の事例をもとに再構成した架空のモデル事例です。3店舗を展開する居酒屋チェーンC社では、36協定の届出上は「勤務間インターバルの確保」を健康福祉確保措置として選んでいましたが、実際のシフトでは深夜勤務の翌日に早番が入ることがありました。シフト作成ソフトに休息時間のルールを設定し、条件を満たさない組み合わせが自動的に警告される仕組みを導入したところ、店長の目視確認だけに頼らない運用ができるようになりました。効果を保証するものではありませんが、仕組み化によって属人的な管理から抜け出す取り組みは、多店舗運営において参考になる考え方です。

人事コンサルタントからのアドバイス

労務管理の点検にあたっては、まず勤怠データ、36協定の届出内容、シフト表、残業・休憩・有給休暇の取得状況、そして店長やスタッフから寄せられている声を確認することから始めてください。あわせて、売上・粗利益・人件費・FLコスト比率も合わせて確認すると、時間外労働の発生が特定の時間帯や店舗に偏っていないかが見えてきます。制度を見直す際は、いきなり全店舗のシフトルールを変更するのではなく、時間外労働が発生しやすい店舗や職種から優先的に点検することをおすすめします。多店舗・シフト勤務が中心の飲食現場では、店長会議での周知や、シフト作成担当者への教育を欠かさないことが運用定着のカギになります。食品安全やQSC、店舗収益と、スタッフの健康・納得感は対立するものではなく、両立させる視点が重要です。管理監督者の該当性や変形労働時間制の適法性など、法的な判断が必要な事項については、労働基準監督署や都道府県労働局、社会保険労務士に確認しながら進めることをおすすめします。

用語集

36協定

労働基準法第36条に基づき、法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超える時間外労働や、法定休日の労働をさせる場合に、労使間で書面により締結し、労働基準監督署に届け出る協定です。届出をしないまま時間外労働をさせることは法違反となります。

36協定の特別条項

臨時的な特別の事情がある場合に、原則の上限（月45時間・年360時間）を超えて時間外労働を可能にするための特例条項です。年6回までという回数制限や、健康福祉確保措置の記載など、通常の36協定より厳格な要件が課されます。

勤務間インターバル制度

終業時刻から次の始業時刻までの間に、一定時間以上の休息時間を確保する制度です。深夜営業がある飲食店で、閉店作業の翌日に早番が入るような働き方を防ぐ目的で導入されることがあります。

管理監督者

労働基準法上、労働時間・休憩・休日に関する規定の適用が除外される立場です。役職名だけで判断されるものではなく、経営者と一体的な権限や出退勤の裁量、それに見合う待遇の実態があるかどうかから総合的に判断されます。

固定残業代制度

あらかじめ一定時間分の残業代を固定額として給与に含めて支払う制度です。実際の残業時間が固定分を超えた場合は、差額を追加で支払う義務があり、毎月の実労働時間との照合が欠かせません。

労働者の健康保持増進措置

36協定の特別条項を締結する際などに、時間外労働を行う労働者の健康を確保するために事業場が講じる取り組みの総称です。健康診断の実施や相談窓口の設置、勤務間インターバルの確保などが選択肢として用いられます。

変形労働時間制

一定期間を平均して法定労働時間の範囲内に収まるよう、日ごと・週ごとの労働時間をあらかじめ弾力的に設定できる制度です。繁閑差の大きい飲食店で採用されることがありますが、対象期間や労働日・労働時間を事前に具体的に特定しておく必要があります。

賃金台帳

労働者ごとの賃金計算の基礎となる労働日数、労働時間数、時間外労働時間数、賃金額などを記載する法定帳簿です。労働基準法により事業場ごとの調製と一定期間の保存が義務付けられています。

よくある質問（FAQ）

今回の運用見直しで、飲食店の残業時間の上限自体が変わるのですか。

労働基準法が定める時間外労働の上限（原則月45時間・年360時間、特別条項による例外）そのものは変更されていません。変わるのは、労働基準監督署が日常的な相談・指導を行う際に、何を重点的に確認するかという運用面の考え方です。上限規制自体への理解と遵守は、これまでどおり必要であることに変わりはありません。

36協定を届け出ていれば、健康福祉確保措置の中身までは問われませんか。

2026年9月1日からの運用では、届出内容そのものより、健康福祉確保措置の実施状況が重点的に確認される方針が示されています。届け出た内容が「書類上だけ」になっていないか、実際のシフト運用や勤怠データと一致しているかを、この機会に自社の運用実態を店長・本部の両方であらためて点検しておくことを強くおすすめします。

スタッフ数10名程度の店舗でも36協定は必要ですか。

従業員に法定労働時間を超える時間外労働や、法定休日の労働をさせる場合は、企業規模にかかわらず36協定の締結と労働基準監督署への届出が必要です。個人経営の小さな店舗であっても例外ではなく、届け出ないまま時間外労働をさせている場合は法違反となるおそれがあるため、心当たりがある経営者・店長の方は速やかに最寄りの労働基準監督署にご相談ください。

店長を管理監督者として扱えば、残業代を支払わなくてよいのですか。

役職名だけで判断することはできません。経営者と一体的な立場での権限、出退勤の自由度、それに見合う待遇の実態などから総合的に判断されるため、実態が伴わない場合は「名ばかり管理職」とみなされ、残業代の支払いが必要になることがあります。自店舗の店長がこの要件を満たしているか、判断に迷う場合は社会保険労務士や労働基準監督署に確認してください。

変形労働時間制を導入すれば、繁忙期の残業代を減らせますか。

変形労働時間制は、一定期間を平均して法定労働時間内に収める制度であり、残業代そのものを一律に減らすことを目的とした制度ではありません。対象期間・労働日・労働時間をあらかじめ具体的に特定しておく必要があり、実態のシフトと合っていない場合は是正の対象になります。導入を検討する場合は専門家に相談しながら進めてください。

出典・参考情報／留意事項

本記事は以下の一次情報に基づいています。36協定の届出内容の確認、管理監督者の該当性、変形労働時間制の適法性など、個別の法的判断については労働基準監督署、都道府県労働局、社会保険労務士等の専門家にご確認いただくことをおすすめします。

• 厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」（2026年8月19日公表、2026年9月1日運用開始）

まとめ

2026年9月1日から始まった労働基準監督署の運用見直しは、労働基準法の残業時間の上限そのものを変えるものではなく、36協定に定めた健康福祉確保措置の実施状況を重点的に確認するという、監督指導の進め方の変化です。とはいえ、シフト制勤務が中心で、繁忙期の残業や急な欠員対応が起こりやすい飲食店にとっては、自社の36協定の内容と実際の運用が一致しているかを見直す良い機会といえます。届出上の措置が形だけになっていないか、変形労働時間制やシフト表との整合が取れているか、店長を管理監督者として扱う実態が要件を満たしているかなど、点検すべき項目は多岐にわたります。専任の労務担当者がいない単独店・小規模チェーンでも、まずは自社の届出内容を確認するところから着手できます。専任の労務担当者がいない環境ほど、点検の仕組みを一度つくっておくことが、その後の負担を軽くしてくれます。有限会社ヒューマンリソースコンサルタント（HRC）では、飲食業に特化した評価制度・賃金制度づくりに加え、労務管理体制の点検についてもご相談を承っています。評価シートサンプルのご確認とあわせて、労務管理の見直しもぜひご検討ください。

36協定の内容や運用実態の点検を自社だけで行うことに不安がある場合は、専門家に相談する方法もあります。

健全な労務管理は、スタッフの定着とQSCの安定にもつながります。まずは資料の確認やご相談から始めてみませんか。