この記事でわかること

• 2026年9月から労働基準監督署の指導方法がどう変わったのか
• 「健康確保措置」とは何か、36協定の特別条項との関係
• 健康確保措置を選ぶ際・実施する際に中小企業が確認すべき実務ポイント
• 是正指導を受けないために整えておくべき書類・記録

結論

厚生労働省は2026年8月19日、時間外労働に関する相談・支援・監督指導の運用を見直すと発表し、2026年9月1日から実施しています。特別条項付き36協定について「月45時間以内への削減」を一律に求める指導は見直され、協定で選んだ健康確保措置が実際に実施され、記録されているかが指導の重点になりました。

健康確保措置とはどのような仕組みか

36協定の特別条項を締結する企業は、限度時間（原則月45時間・年360時間）を超えて労働させる労働者に対し、「健康及び福祉を確保するための措置」を協定に定め、実施する必要があります。医師による面接指導、深夜業の回数制限、勤務間インターバルの確保、代償休日の付与、健康診断の実施、連続休暇の取得促進、心とからだの相談窓口の設置、配置転換、産業医等による助言指導など、あらかじめ定められた複数の選択肢の中から自社に合う措置を選び、36協定届に記載する仕組みです。

これまでは、時間外・休日労働の実績時間数そのものに着目し、月45時間を超える状態が続く事業場に対して一律に削減を求める指導が行われる傾向がありました。2026年9月1日からは、この一律の指導を見直し、企業が協定で選んだ健康確保措置を「具体的に定めているか」「実際に実施しているか」「実施した記録が残っているか」を重点的に確認する運用に変わっています。なお、本記事作成時点で厚生労働省の公式発表は運用見直しの方針を示すものであり、健康確保措置の具体的な10項目の文言そのものは36協定届の様式を引用する専門サイトの解説に基づいています。正確な文言は貴社にて最新の様式でご確認ください。

なぜ中小企業の実務で重要なのか

人手不足が続く中小企業では、特定の時期・部署で時間外労働が月45時間を超える特別条項の適用が避けられない場合があります。今回の運用見直しにより、時間数の削減だけを求められる場面は減る一方で、「健康確保措置を選んでいるが、実際には実施していない」「協定書に記載してあるが、実施記録が残っていない」という状態は、これまで以上に是正指導の対象になりやすくなります。法律そのものが変わったわけではないため、時間外労働の上限規制や罰則は従来どおり適用される点にも注意が必要です。

実務上起こりやすい課題

• 36協定届に健康確保措置の項目を記載しているが、具体的に何を・いつ・誰が実施するかが社内で決まっていない
• 医師による面接指導や産業医面談を「制度としては用意している」が、対象者への周知・実施記録の保管ができていない
• 複数の措置を選んでいるが、実施状況を一元的に管理できていない
• 健康確保措置の実施が形だけになっており、労働者の健康状態の改善につながっていない

課題別の対応策

自社が選んでいる健康確保措置の棚卸し

現在の36協定届に記載している健康確保措置の内容を確認し、それぞれについて「誰が」「いつ」「どのように」実施するかを具体的に定めます。複数の措置を選んでいる場合は、実施の優先順位や対象者の範囲も整理します。

実施記録の様式化

面接指導の実施記録、休暇取得の記録、相談窓口の利用記録など、措置ごとに記録を残す様式を整えます。口頭での実施にとどめず、書面またはシステム上で記録が残る仕組みにしておくことが重要です。

対象者への周知徹底

健康確保措置の対象となる労働者に、制度の存在と利用方法を周知します。労働者が制度を知らなければ、措置を用意していても実質的に機能しません。

具体的な対応ステップ

1. 現在締結している36協定・特別条項の内容と、選んでいる健康確保措置を確認する
2. 各措置について、実施の手順・記録方法・担当者をあらためて明確化する
3. 時間外労働が限度時間を超える見込みの労働者を早期に把握する体制を整える
4. 健康確保措置の実施記録を保管するための様式・保管期間を定める
5. 対象者・管理職へ制度の周知を行う
6. 次回の36協定更新時に、実施状況を踏まえて措置の内容を見直す

健康確保措置の主な選択肢（一般的に用いられる項目の例）

上記は一般的に用いられる項目の例であり、正式な項目名・記載要領は貴社にて最新の36協定届様式でご確認ください。

注意点・法的リスク

今回の見直しは、労働基準監督署による監督指導の運用（アプローチ）の見直しであり、労働基準法そのものが改正されたわけではありません。時間外労働の限度時間（原則月45時間・年360時間）、特別条項の上限（月100時間未満・複数月平均80時間以内・年720時間以内等）、これらに違反した場合の罰則（6か月以下の懲役または30万円以下の罰金等）は従来どおり適用されます。「一律の45時間指導がなくなった」ことを、時間外労働の上限規制そのものが緩和されたと誤解しないよう、社内での周知にも注意が必要です。健康確保措置を形式的に選ぶだけで実態が伴わない場合、重大・悪質な事案としてより厳格な指導・是正勧告の対象となる可能性があります。

中小企業ならではの対応方法

専任の労務担当者を置いていない中小企業では、36協定届の作成自体は社会保険労務士等に依頼していても、健康確保措置の実施状況までは社内で追い切れていないケースが見られます。まずは自社が選んでいる措置を一覧化し、それぞれの実施担当者と記録の保管場所を決めるだけでも、労基署の調査が入った際にスムーズに説明できる体制に近づきます。

まとめ

2026年9月1日から、労働基準監督署は時間外労働の実績時間数のみに着目した一律の指導を見直し、36協定の特別条項に定める健康確保措置の実施状況を重点的に確認する運用に変わりました。中小企業は、自社が選んでいる健康確保措置の内容を棚卸しし、実施記録を残せる体制を整えることが重要です。

HRCへの相談案内

健康確保措置への対応は、36協定届の記載を整えるだけでなく、「自社の時間外労働の実態に本当に合った措置を選べているか」「就業規則・労働時間管理の仕組み全体としてどう位置づけるか」という制度運用全体の課題につながっています。どの措置を選ぶべきか、実施記録をどう管理すべきかは、自社だけで判断するのが難しい場合があります。

まずは自社の労働時間管理・36協定の運用状況を確認するところから始めるのか、就業規則や労働時間管理の仕組みそのものを見直すところから着手するのかは、企業ごとの状況によって異なります。有限会社ヒューマンリソースコンサルタントでは、中小企業の人事制度の運用を支援しています。自社の状況に合わせた進め方について相談したい場合は、お問い合わせページよりご連絡ください。

関連するよくある質問

健康確保措置は必ず複数選ばなければなりませんか。

複数選択が義務付けられているわけではないとされていますが、自社の労働実態に合った措置を選び、実効性のあるものにすることが重要です。詳細は最新の36協定届様式・記載要領でご確認ください。

健康確保措置を実施していなかった場合、罰則はありますか。

健康確保措置の未実施そのものに直接の罰則規定があるかどうかは、本記事作成時点で一次情報を直接確認できていません。ただし是正指導の対象となり、改善が見られない場合はより重大な事案として扱われる可能性があります。個別の判断は労働基準監督署・社会保険労務士にご確認ください。

時間外労働の上限そのものは変わりましたか。

変わっていません。今回の見直しは監督指導の運用面の変更であり、時間外労働の限度時間や特別条項の上限、罰則規定といった法律上の仕組み自体に変更はないとされています。

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公的情報源・参考資料

• 厚生労働省「時間外労働等に係る相談・支援及び監督指導を見直します」

本記事の情報確認日：2026年9月18日。健康確保措置の具体的な項目名・記載要領は二次情報に基づく部分があるため、公開前に必ず厚生労働省の最新の36協定届様式でご確認ください。